Спасо-Преображенский монастырь относится к основным достопримечательностям Ярославля. В его стенах происходили великие события, он стал свидетелем и участником важнейших исторических и переломных моментов в жизни города, ему изначально предназначалась роль защитника, хранителя и духовного наставника. Сегодня один из самых древних мужских монастырей России является Объектом культурного наследия. Его архитектурно-художественные богатства и уникальное историческое наследие составляют основной фонд Ярославского музея-заповедника, имеющего статус государственного значения.
Деревянное сооружение было возведено в XII веке на левом берегу реки Которосль, вблизи переправы. В системе городских оборонительных линий ему было выделено стратегически верное место расположения, обеспечивающее защиту города от нападения недругов с западных рубежей.
О точной дате основания монастыря достоверных свидетельств нет, но в летописях за 1186 год о нем сохранилось первое упоминание. Ровно через тридцать лет, уже в другом историческом документе, было отмечено начало строительства каменного Спасо-Преображенского собора.
В начале XIII века в стенах мужского монастыря появилось духовное училище и богатое для того времени собрание рукописных книг. На территории была возведена небольшая Входоиерусалимская церквушка, не сохранившаяся до наших дней. Спасо-Преображенский монастырь превратился в религиозно-культурный центр Ярославского княжества. Духовники удельных князей позволяли себе вмешиваться в политику и частную жизнь своих подопечных, оставаясь, впрочем, всегда на их стороне. В Соборе хоронили представителей княжеского рода вплоть до окончательного вхождения Ярославля в состав Московского княжества в 1471 году.
В Ярославском монастыре были погребены почитаемые в православии князья-чудотворцы Фёдор, Давид и Константин, митрополиты, архиепископы и заслуживший уважение горожан местный губернатор Ф. Я. Фриде (1838—1896 гг.).
В 1501 году в Спасо-Преображенском монастыре случился сильнейший пожар, в результате которого большинству строений был нанесен серьезный урон. Собор пришлось демонтировать, но фундамент оказался настолько крепким, что его решили не разбирать, а использовать в качестве основы для нового каменного собора. Сооружение возвели по образу и подобию московских храмов и освятили в 1516 году. Древнейшее строение находится сегодня под защитой государства.
В середине XVI столетия монастырь окружили каменными стенами. Именно они позволили пережить осаду Смутного времени.
Спасо-Преображенский монастырь являлся самым укрепленным из всех городских строений Ярославля. Сюда любил наведываться Иван Грозный, а Минин и Пожарский получили здесь благословение, отправляясь в освободительный поход на Москву. В XVII веке комплекс усиленно разрастался, возводились новые сооружения, расширялись и укреплялись внешние стены. Монастырская слобода насчитывала более 300 дворов, а влияние священнослужителей неуклонно росло.
Свое прямое предназначение мужской монастырь потерял во второй половине XVIII века, когда из Ростова в Ярославль была переведена кафедра митрополита. Комплекс получил статус архиерейского дома. Здесь открыли духовную семинарию, построили еще одну церковь, часовню и ризницу.
Официальной датой основания Музея-заповедника считается 12 января 1865 года. Он был создан по инициативе представителей Ярославского исследовательского общества, занимающегося естественными историческими науками. Фонды и экспозиции содержались на пожертвования и государственные субсидии. Сегодня в состав Музея входит естественнонаучный отдел, являющийся правопреемником Общества и хранителем его коллекций.
От мужского монастыря осталось богатое наследие — памятники зодчества и иконописи, собрания книг и документов, старинные фрески и обширная нумизматическая коллекция. Объект считается золотым фондом русской истории.
Музейное собрание Спасо-Преображенского монастыря насчитывает более 300 тысяч экспонатов истории, культуры, искусства, так или иначе связанных с Ярославской землей.
В XX веке были собраны многочисленные артефакты, художественные ценности и уникальные экспозиции. В состав Музея-заповедника вошли церкви, собор, памятники архитектуры, шедевры живописи и иконописи. После 1990-х часть строений Спасо-Преображенского монастыря была переведена в совместное пользование местной епархии и государственного комплекса.