Музей истории города Ярославля был открыт в 1985 году как филиал Ярославского историко-архитектурного музея-заповедника. По инициативе мэра города в 1998 году он стал самостоятельным муниципальным музеем. Его экспозиции находятся в здании бывшей усадьбы купца Василия Яковлевича Кузнецова на Волжской набережной. внутри музей сохранил оригинальные интерьеры и планировку купеческого дома с парадными лестницами и анфиладой комнат, в которых сохранилась оригинальная лепнина.
Музей посвящен месту города Ярославль в истории России. Все выставочные экспонаты размещены в хронологическом порядке. Шесть залов освещают историю Ярославля с момента основания города до современности. Кроме них есть несколько тематических залов, посвященных выдающимся ярославцам прошлого века, а так же образам города в картинах местных художников.