Один из самых крупных и известных в России мужских монастырей с многовековой историей. В 1473 году здесь была освящена выкопанная в песке пещерная церковь Успения, что считается временем основания монастыря. Монастырь ни разу за всю свою историю не закрывался. В межвоенный период (до января 1945 года) находился в пределах Эстонии, благодаря чему сохранился. В 1967–2006 годах в монастыре подвизался архимандрит Иоанн (Крестьянкин). Достоверных сведений о начале монашеской жизни на месте современного монастыря нет, как не проводилось и научных обследований пещер.
Предположительно природного происхождения, эрозионно-суффозионные пещеры в отложениях песчаника по берегам ручья Каменец стали известны местным жителям в 1392 году. По легенде в них жили монахи, бежавшие в псковскую землю с юга, от набегов крымских татар. Главный пещерный комплекс носит название "Богом зданная пещера", и состоит из Успенской пещерной церкви с обходной галереей (малые пещеры), ближних пещер с мощами преподобных Печерских Марка ("начального инока"), Ионы, Лазаря и матери Вассы и далее продолжается некрополем из семи подземных галерей-улиц с пещерной церковью Воскресения Христова в конце 6-й галереи и часовня. По легенде пещеры были вновь обнаружены Иваном Деменьтевым около 1470 года, уже с надписью над входом "Богом зданная пещера".В 1470 году в пещере поселился иеромонах Иона, бывший священник Георгиевского храма Юрьева-Ливонского (ныне Тарту), который ископал пещеру, где устроил церковь Успения Пресвятой Богородицы, освященную в 1473 году. Вокруг храма впоследствии образовалась обитель.
Находясь на границе между Россией и Ливонией, где владычествовали немцы, обитель не раз подвергалась разорению со стороны немцев, шведов и поляков. Московское правительство, ввиду важного военного положения монастыря, укрепило его крепостными стенами. В Успенском храме в медной раке покоятся мощи прп. Корнилия, одного из первых игуменов обители, погибшего смертью мученика от руки Иоанна Грозного, который подозревал игумена в измене.
В ризнице хранилось множество древних драгоценностей и реликвий. Библиотека была богата старопечатными книгами и рукописями. После оккупации Псково-Печерский монастырь продолжал оставаться в двойном подчинении: митрополиту Таллинскому Александру (Паулусу) и экзарху Прибалтики митрополиту Сергию (Воскресенскому). С 1940 года и до октября 1941 года наместником монастыря являлся архимандрит Парфений (Шатинин). В октябре 1941 года Парфений (Шатинин) ушёл на покой по старости и по решению старцев руководство принял игумен Павел (Горшков), управлявший монастырём до ареста советскими спецслужбами в конце 1944 года. 16 января 1945 года Печорский район был передан из Эстонской ССР в состав Псковской области РСФСР. Около 40 лет на территории Российской Федерации действовали только два монастыря — Псково-Печерский и открытая в 1946 году Троице-Сергиева лавра. Чтобы уверить окрестное население в «свободе совести в СССР» Совет по делам Русской православной церкви организовал летом 1946 года посещение монастыря Патриархом Алексием (Симанским).
С 1949 года по 1954 год наместником был архимандрит Пимен (Извеков), впоследствии Патриарх Московский и всея Руси. 28 июля 1959 года Указом Святейшего Патриарха Алексия наместником был назначен игумен Алипий (Воронов) (в 1961 году возведен в сан архимандрита), — до 12 марта 1975 года усердно трудившийся в деле восстановления и сохранения Псково-Печерской обители. Алипий не позволил закрыть монастырь в тяжелые для церкви годы хрущёвской «оттепели», благодаря его усилиям в 1973 году в Печоры вернулись сокровища, вывезенные нацистами из ризницы монастыря. В монастыре провели последние годы жизни митрополит Вениамин (Федченков), архиепископ Владимир (Кобец), епископы Феодор (Текучёв), Иоанникий (Сперанский), Андрей (Сухенко). Все они погребены в монастырских пещерах.
В сентябре 1995 года архимандрит Псково-Печерского монастыря Роман (Жеребцов) по требованию патриарха Московского и всея Руси Алексия II подал в отставку. Он был обвинён прессой в том, что установил в монастырских пещерах гроб с телом Николая Гавриленкова, одного из руководителей Великолукской организованной преступной группировки, убитого 30 июня 1995 года.
Весной 1942 года в монастыре поселился оказавшийся на оккупированной территории схиепископ Макарий (Васильев), который ранее находился на «нелегальном положении» (катакомбный епископ). Монастырь принимал активное участие в деятельности Псковской православной миссии, внешне оказывал лояльность оккупационным властям для возможности легального служения. В годы оккупации в Псково-Печерском монастыре проходили съезды и совещания высшего духовенства Балтийского экзархата, в частности так называемое архипастырское совещание, состоявшееся 28 августа 1943 года в Сретенском храме, в котором приняли участие: митрополит Виленский и Литовский Сергий (Воскресенский), экзарх Латвии и Эстонии, архиепископ Нарвский Павел (Дмитровский), епископ Рижский Иоанн (Гарклавс), епископ Ковенский Даниил (Юзвьюк), схиепископ Макарий (Васильев) и другие. Монастырскую братию представлял игумен Павел (Горшков), монахи Илья, Аркадий, Никон, схииеромонах Симеон. Со стороны оккупационных властей присутствовали гебитскомиссар, городской голова города Петсери, префект полиции. В мае 1943 года Псково-Печерский монастырь посетил и выступил перед насельниками А.А. Власов. В ночь с 31 марта на 1 апреля 1944 во время налёта советской авиации в монастыре осколком бомбы убит схиепископ Макарий.
После освобождения Псковщины игумен Павел (Горшков) был включён в комиссию по расследованию преступлений оккупантов в Псковщине. Но в октябре 1944 года последовал неожиданный арест. Его обвинили в сотрудничестве с оккупантами. Осуждён на 15 лет за антисоветскую деятельность. Умер в 1950 году. Реабилитирован в 1997 году.