Всех приплывающих в Монастырскую бухту встречает далеко видный с Ладоги храм во имя св. Николая Мирликийского, покровителя плавающих и путешествующих, молитвами которого освящается водная стихия.
Церковь построили в 1833 г. усердием купца Николая Солодовникова из Санкт-Петербурга. Александр Дюма, посетивший Валаам в 1858 г., писал, что «эта церковь — подлинное сокровище, как по художественным достоинствам, так и по своему богатству — создание лучшего архитектора России». Автор проекта — А.М. Горностаев (1808-1862), один из основоположников русского архитектурного стиля. Наряду с К.А. Тоном, строителем Храма Христа Спасителя в Москве, он стремился возродить утраченную со времен реформ Петра I национальную архитектурную традицию, ориентируясь на зодчество Древней Руси. Прототипами Никольской церкви явились московские храмы XVI в.
В 1858 г. на острове по плану А.М. Горностаева был построен двухэтажный дом. В 1856 г. во втором его этаже игуменом Дамаскиным была освящена домовая церковь во имя его небесного покровителя св. Иоанна Дамаскина (проект архитектора Г.И. Карпова). Иконы и росписи, часть которых исполнил игумен Гавриил, уничтожены.
Иноки Никольского скита привозили почву и, укрепив ее подпорками, развели фруктовый сад, высадили клены, ясени, сирень. Несли они таможенную службу — монастырский устав строго воспрещал ввозить табак и спиртное. Рядом с таможней — один из гранитных поклонных крестов с изображениями символов крестных страданий Спасителя, большую часть которых установил игумен Дамаскин.
В 1935 г., когда Никольский скит посетил писатель Б.К. Зайцев, там жил лишь один монах — отец Милий. Ныне в скиту живут постоянные насельники.