Вознесенский скит существует с XIX века, место его расположения — Секирная гора главного острова архипелага. Наименован он по первой церкви, каменной, трёхъярусной, под одной главой, построенной в начале 60-х годов столетия. В пустыни имелись здание братского корпуса в 2 этажа и гостиница для поселения паломников, добротная валунная баня, крытые стойла для лошадей, колодец с питьевой водой. С возвышенной смотровой площадки на здешней горе открываются живописные панорамы ближайших островов Соловецкого архипелага.
Отчего гора именуется Секирной? Секира как стрелецкое оружие здесь совершенно ни при чём. Бытует легенда, согласно которой некая рыбацкая жена в давние времена была высечена здесь за тяжкую провинность небесными ангелами. Место той легендарной экзекуции у основания горы отмечено было строительством Михайловской часовни (в честь издревле известного чуда Архистратига Божия Михаила, по молитве праведного пономаря Архиппа, обратившего в Хонех устремлённый на храм язычниками водный поток). Выше по склонам располагалось садово-огородное хозяйство насельников скита. В период активного огородничества здесь проживало не более 6 иноков, при большом стечении паломников, а зимой — всего 2–3 отшельника.
Во то время, пока на Соловецкой территории действовал лагерь политзаключённых, здесь располагался штрафной изолятор, неустанно «трудилась» расстрельная команда, выводившая заключённых в расход регулярно, поодиночке и малыми группами.
В переходящий престольный праздник, пришедшийся в 1992 году на 4 июня (Вознесение Господне празднуется в четверг 6-й седмицы после Пасхи), скит вновь познал благоуханную благодать литургической жизни. Тогда же на месте бывшего штрафного изолятора в память пострадавших здесь новомучеников на том самом расстрельном месте поставили при возглавлении Патриарха Алексия II крест для поклонения и молитвы. Через год скиту была возвращён музеем местночтимый образ архангела Михаила с изображением сюжета чудесного избавления храма от водного потока. Позже, в 2005 году, реставраторы полностью восстановили фрески храмового придела, посвящённого сему чуду.
Указом Патриарха в 2003 году иноческое послушание в пустыни было восстановлено под водительством иеромонаха Матфея (Романчука). На подъездах к Секирной горе в память о возобновлении практики скитского монашеского подвига был также поставлен новосоделанный поклонный крест.