Дом этот, по историческим записям, был построен «при воскобелильне» в 1862 году (настоятель того времени — архимандрит Порфирий). То есть, дом предназначался для обслуживания воскобелильного производства.
Второй этаж и мансарду дома действительно приспособили для возможных посещений местности настоятелем. В это время территория уже не была пустынью, а превратилась в скит со своим производством воска и посадками растений.
На мансарде дома устроили балкон, стоя на котором можно встречать рассвет. Все 5 комнат тёплой части дома отапливаются одной центральной печью, но топок было две — на первом и втором этажах. Кроме того, на первом этаже в кухне сохранилась малая русская печь.
Лестницы в доме есть как в холодной, так и в тёплой частях дома. Холодная лестница из тамбура ведёт на второй этаж и мансарду. При строительстве дома первый ярус брёвен уложили из морёной лиственницы.
Перед домом были устроены прямоугольные «зелёные кабинеты» — площадки, три стороны которых были обсажены рядами кустарников. В центре были цветники. Сейчас в Ботсаду ежегодно сажают цветы в этих «зелёных кабинетах».
На территории сада недалеко от двухэтажного дома была построена самая маленькая и самая скромная часовня — возможно, не только на Соловках, но и в истории православия. У неё даже нет названия, либо оно не сохранилось. В некоторых источниках её называют «Часовней у трех елей». Ели были ещё недавно, но две уже исчезли.
Часовня, не получившая названия, но отличающаяся необычной росписью «неба». В военный период моряки, видимо, использовали её для тренировки стрельб, т.к. она вся испещрена следами пуль.
Ещё более скромным было жильё основателя пустыни — архимандрита Макария. Дом для него был построен по проекту северных крестьянских изб, где люди и домашние животные жили в одной постройке, под одной крышей.
Известно, что Макарий мог посещать пустынь только зимой, так как летом был очень занят. Зимой можно было прибыть туда в санной повозке на лошадях.
Видимо, именно поэтому в доме архимандрита Макария на первом ярусе была конюшня, а келью с утеплённым мезонином устроили под крышей дома.
В последующем дом использовали, в основном, как конюшню, но именно та часть территории, которая была вокруг дома, и была собственно Макарьевской пустынью