Пинежский заповедник образован с целью сохранения и изучения в естественном состоянии природного комплекса типичной северной тайги и уникальных карстовых ландшафтов Беломорско – Кулойского плато. Это первый заповедник в подзоне северной тайги на территории Восточно-Европейской равнины. Он включает участок типичных темнохвойных лесов подзоны северной тайги и уникальный массив лиственничников, сохранившийся на восточной окраине Беломорско-Кулойского плато. На заповедной территории имеются все типичные формы карстового рельефа.
В пределах заповедника участки земли, ее недра и водное пространство навсегда изъяты из хозяйственной эксплуатации. Заповедник выполняет функции эталона природы северной тайги, резервата для сохранения реликтов ледниковой флоры и представляет из себя научно-исследовательскую базу для проведения комплексных работ по изучению природных процессов в лесах Европейского Севера.