Мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД» является структурным подразделением Томского областного краеведческого музея. Музей занимает подвальное помещение здания, где с 1923 г. по 1944 г. размещалась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. Прилегающая к зданию территория – бывший внутренний двор тюрьмы, в котором сегодня находится сквер Памяти.
На сегодняшний день сквер Памяти и музей представляют собой мемориальный историко-архитектурный комплекс, занимающий важное место в архитектурно-историческом и музейном пространстве города Томска.
Музей был основан в ноябре 1989 г. В 1996 г. благодаря инициативе бывших гулаговцев - Р. Тамариной, В. Митиной, Г. Успенского и В. Кремнева в помещениях музея состоялось открытие первой выставки «Творчество в ГУЛАГе». Данная экспозиция повествовала о трагических судьбах некоторых жителей города, ранее находившихся в лагерях ГУЛАГа.
Постоянная музейная экспозиция состоит из реконструированного кабинета следователя, тюремного коридора и камеры для подследственных заключённых. В четырёх залах обзору посетителей представлены такие разделы, как «Большой террор», «Подземный тюремный тоннель», «Белостокская трагедия», «Хроника репрессий на Томской земле», «Судьба священника», «ЧСИРы», «Колпашевский яр» и др., а также стенды с документами и биографическими материалами философа Г. Шпета, поэта Н. Клюева и многих других выдающихся личностей. Среди экспонатов можно увидеть подлинные документы и копии следственных дел, игральные карты, картины, фотоальбомы, вышивки и различные поделки из камня и дерева.
При музее работает библиотека и выставочный зал. Коллекция публикаций в периодической печати и архивных документов, а также фото- и видео-архив позволяют исследователям и посетителям музея глубже изучить трагические события российской истории.