Богоявленский собор в Томске располагается на площади Ленина. Он берет свое начало от небольшой Богоявленской церкви, которая была возведена на этом месте еще в 1630 году. После учреждения в 1666 году томской кафедры православной церкви именно эта церковь получила статус собора. Храм неоднократно страдал от пожаров, но всегда восстанавливался. В 1777 году возле уже обветшавшего деревянного храма был заложен нынешний каменный, а 23 ноября 1784 года он был освящен.
Храм имеет особое значение для истории Томской земли: именно здесь на праздник преображения Господня в 1804 году было всенародно объявлено о создании Томской губернии. С 1892 года при соборе существовало попечительство о бедных, с 1898 года - церковно-приходская школа. При храме работала библиотека, насчитывавшая 400 томов книг.
После революции, в 1930-е годы прошлого века храм был закрыт. С 1941 по 1989 год в нем размещался завод резиновой обуви. В 1997 году полуразрушенный храм был возвращен Русской православной Церкви и восстановлен. В 2000 году в церкви были возобновлены ежедневные богослужения. В настоящее время собор является Кафедральным.