В северо-восточной части монастырской ограды, над монашескими кельями расположена Софийская церковь, которая является одной из самых маленьких в мире церквей. Уместиться в ней могут всего семь человек, и предназначается она исключительно для монахов, которые молятся здесь один раз в год — в день святых Веры, Надежды и Любови и матери их Софии.
Согласно летописным свидетельствам, церковь была построена на рубеже XVII-XVIII столетий, и главный престол изначально был освящен во имя Алексея Божьего человека. Но после сильного пожара, во время которого молния ударила в купол, церковь выгорела, и новый храм на ее месте освятили во имя Страшного Суда, что в церковной практике явление весьма редкое. Однако вскоре очередной пожар от молнии уничтожил монастырское строение, и отстроенная на средства одной прихожанки Н.И.Киселевой церковь была освящена в честь святой мученицы Софии и трех ее дочерей. В 1992-1994 годах церковь была отреставрирована.