Нижнее-Никольская церковь – один из лучших в Смоленске памятников барокко. К высокому центральному объему – четверику, увенчанному глухим барабаном с небольшой главкой, примыкают пятигранная апсида и удлиненная трапезная. Все объемы двухэтажные, 2-й этаж четверика двухсветный. Оси четверика подчеркнуты полукруглыми фронтонами с круглыми нишами в их центре. Храм имеет богатое декоративное убранство – пилястры с фигурными нишами, профилированные наличники арочных окон, широкие карнизы.
В 1812 году Нижне-Никольская церковь была разграблена французами. В 1813 году из казны выделено 5000 рублей на ее восстановление, а из Санкт-Петербурга прислан иконостас.
В период с 1925 по 1927 годы, вплоть до своего закрытия, церковь была кафедральным собором города. Храм сильно пострадал во время Великой Отечественной войны, но позже восстановлен. В 1996 году был передан Смоленской епархии. Престол освящен в 1997 году митрополитом Калининградским и Смоленским Кириллом.
В настоящее время в здании храма располагается православная гимназия и действует гимназическая церковь святого Николая Чудотворца.
В 1776 году на одной оси с Нижне-Никольской церковью была построена каменная надвратная колокольня в ограде храма. До настоящего времени ограда не сохранилась. Колокольня состоит из 3-х четвериков, увенчанных луковичной главкой на двойном восьмигранном барабане. Арка проезда фланкирована парными пилястрами, фасады второго яруса рустованы, в прямоугольной нише на западной и восточной гранях вписаны четы-рехпилястровые портики с круглыми окнами на фронтонах.