Свято-Троицкий монастырь находится в историческом центре Смоленска, к югу от Соборной горы. Здание монастыря является самым древним из сохранившихся до наших дней сооружений на Большой Советской улице. В его ограде находится Троицкий собор (1697, перестроен в 1727), церковь зачатия Анны (1767, являлась больничным храмом), усыпальница, а через дорогу – колокольня (1720-е годы).
Нынешняя обитель является преемницей одноименного ей монастыря, располагавшегося на реке Кловке, в 3-х верстах от Смоленска. Изначально Троицкий монастырь являлся мужским. Время основания обители неизвестно. Связано это в первую очередь с историей самого города. Будучи одним из древнейших городов Руси Смоленск постоянно подвергался «нашествиям иноплеменных» и с востока и с запада. С середины ХIII века до 1514 г. Смоленск входил в состав Литовского княжества. О Троицком монастыре Смоленска в это время есть упоминание в грамоте короля польского и великого князя литовского Александра (1506 г.). Но некоторые авторы считают, что в этой грамоте упоминается Троицкий монастырь, находившийся в устье реки Кловки.
Почти сто лет с 1514 до 1611 года Смоленск входил в состав Московской Руси. Затем последовали 43 года польско-литовского католическо-униатского владычества. Наконец, в 1654 г. Смоленск навсегда возвратился в состав Русского государства. О Троицком Смоленском монастыре известно, что во время польско-литовского правления в семнадцатом веке он принадлежал католическому монашескому ордену доминиканцев. Есть мнение, что в нем размещался униатский монастырь. Известий о строительстве католических монастырей в Смоленске в первой половине семнадцатого века нет. Поэтому с большой вероятностью можно предположить, что монастырь основан в шестнадцатом веке или ранее, когда Смоленск был православным городом.
В 1669 г. Троицкий монастырь был заново освящен как православный и до 1740 г. стал местом пребывания смоленских архиереев. В 1672-1675 гг., по инициативе смоленского митрополита Варсонофия, вместо деревянного Троицкого собора воздвигается каменный одноэтажный собор. Строительство велось предположительно московскими зодчими. В 1727 г. при епископе Гедеоне собор перестраивается: возводится второй этаж, с северной стороны к алтарю пристраивается ризница. Главный престол на втором этаже посвящен Живоначальной Троице, внизу под ним – Рождеству Христову. В 1847 г. с юга к собору был пристроен придел, престол которого был освящен во имя святителя Митрофана Воронежского.
Петр I посетивший Смоленск в 1709 г. приказал проложить новую улицу от Днепра на юг, более пологую, чем бывшую ранее. В результате двор Троицкого монастыря был разделен на две части: Троицкий собор и монастырские постройки на восточной стороне улицы (Благовещенской, ныне Большой Советской), а колокольня на западной. В 40-е годы восемнадцатого века к южной стороне собора пристраивается каменная усыпальница над захоронениями смоленских митрополитов – Симона Милюкова, Сильвестра Черницкого, Сильвестра Крайского и Дорофея Крашневича. В 60-е годы к югу от собора был построен каменный храм в честь Зачатия праведной Анною Пресвятой Богородицы, с 1767 г. он стал больничным. В конце этого же века монастырь был обнесен каменной стеной, частично перестроенной в девятнадцатом веке.
В начале ХХ века монастырь считался третьеклассным, не общежительным. Число монашествующих было небольшим.
22 августа 1925 года монастырь был упразднен, хотя богослужения велись до 1934 года. После закрытия в стенах монастыря разместился техникум физкультуры.
В апреле 1929 г. Главнаука, на учете которой стояли храмы, приняла решение об изъятии колоколов. 19 февраля 1930 г. было произведено снятие колоколов с храмов и колоколен Смоленска. В Троицком монастыре было снято семь колоколов общим весом 4706 кг. Как отмечалось в акте комиссии, производившей снятие: «Колокола в разбитом виде перевезены на склад рудметаллторга».
В течение последующих лет здесь находились различные государственные учреждения. До настоящего времени из монастырского комплекса сохранились: Троицкий собор, храм в честь Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы , колокольня, часть монастырской стены.
В августе 2008 года губернатор Смоленской области С. В. Антуфьев и митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, ныне Святейший Патриарх Московский всея Руси, подписали соглашение о передаче в собственность епархии Троицкого монастыря. Настоятельницей была назначена монахиня Николая (Саттерова).
Сейчас в монастыре 10 насельниц. Они проживают в скиту монастыря.