Каменную церковь строил дворянин Михаил Юшков и мастера из Енисейска. 10 лет им понадобилось, деньги собрали прихожане, причем не только Красноярска, но и в селах уезда. Потому когда принималось решение, как назвать церковь, был вариант Богоявленской, но жители оставили название прежней деревянной церкви. Освятили храм в 1795 г., с того времени он и действует. После основательной перестройки в 40-х гг. 19 века облик Покровской церкви почти не менялся. В сталинские времена был передан воинской части и, понятное дело, пострадал от использования не по назначению. Отразились на храме и следующие политические режимы: в помещениях размещались и скульптурная мастерская, и выставочный зал. В 2008 г. в Покровском соборе была найдена чудом уцелевшая фреска конца 18 — начала 19 веков. На ней изображена икона престольного праздника, сейчас она отреставрирована.
Реставраций Покровская церковь пережила несколько, последний капитальный ремонт здесь проводился в 2006 г. И тогда ей были возвращены исторические белые стены и небесно-голубые купола и кровля; позже их перекрасили в зеленый.