Давно в 12 веке в Великом Новгороде жила богатая семья. Там рос мальчик Алексей. Он любил уединяться, читать священные книги, постился и молился. После смерти родителей ушёл в пустыню, стал монахом с именем Варлаам. Много чудес рассказывают про него. Некоторые из них связаны с основанием монастыря.
Полное его название Варлаамо-Хутынский Спасо-Преображенский монастырь. Он расположился около селения Хутынь, в семи километрах от города у реки Волхов. Так вот, легенда гласит, что место это было плохое, во власти злых духов. Поэтому его так назвали «хутынь» — худое. Монах решил уединиться здесь, построил келью, стал молиться, подвизался на труд. К нему собирались люди, желавшие разделить с ним труды и подвиги духовные. Однажды в 1190 году новгородский князь Ярослав Владиславович приехал к подвижнику. Тот благословил гостя, добавив «… с благородным сыном твоим…». Изумился Ярослав, не зная, что родился у него сын. Одержав вверх над тёмной силой этого места, Варлаам срубил здесь деревянную церковь, построил ещё одну — из камня. Назвал её во имя Преображения Господня. В 1192 году приехал архиепископ Григорий и освятил её. Так основался монастырь. Постройки не дожили до нашего времени. Варлаам умер 6 ноября 1192 года.
В 1515 году здесь воздвигли Спасо-Преображенский собор. А наиболее знаменитой постройкой является церковь Григория Армянского. За долгую историю своего существования с начала 13-го столетия до закрытия в 1925 году службы на территории обители совершались в пяти храмах. Если какая-то церковь закрывалась от старости, то строили другую.
Когда в 1611 году на древний город напали шведские войска, монастырь превратился на время в их резиденцию.
Известный поэт Гаврила Романович Державин часто посещал монастырь и завещал похоронить его здесь. Он умер в 1816 году в родовом имении. По реке Волох поэта отправили в последний путь — в Хутынский монастырь. Его захоронили в Спасо-Преображенском соборе. Здесь же нашла свой последний приют его жена. Во время военных действий монастырские постройки сильно пострадали, особенно колокольня, Спасо-Преображенский собор, церковь Варлаама… Разрушились могилы Державиных. В 1959 году их останки перевезли в Новгородский Детинец. А в 1993 году, в юбилей, гроб поэта возвратили и захоронили в приделе Святого апостола Иоанна Богослова.
Сегодня монастырь представляет собой архитектурный комплекс XVI—XIX вв. С 1994 это женский монастырь, в котором трудятся во славу божью более ста сестёр.